iPad Pro用のApple Pencil（第1世代）は、2通りの方法で充電できます。
1）iPad ProなどのLighning端子に接続して、デバイスから給電する
▲ Apple Pencil（第1世代）はキャップの中に、iPadやiPhoneとは逆の、Lightnigメス端子を搭載しています。
このLightning端子でiPad Proに接続して、iPad Proのバッテリーを使って充電するのが基本です。
急いでいるときは、iPad Proに15秒接続するだけで、Apple Pencilを30分使える程度に充電されます。
フル充電に必要な時間は2時間以内で、iPad Proのバッテリーを1〜2％消費します。
▲ Apple PencilのLighnint端子は、通常のLightningケーブルの端子よりも長めです。
完全に奥までは刺さりません。
この形状のおかげで、iPad Proに純正シリコーンケース（レビュー）を装着していても、そのまま接続できます。
▲ iPad Pro以外のiPadや、iPhoneなどに接続しても充電ができます。
iPad Proに接続するよりもコンパクトで手軽なので、iPhoneから充電するのがおすすめです。
▲ アップル純正のiPhone用バッテリーケース「iPhone 6s Smart Battery Case」（レビュー）でも充電ができます。
ただし、Battery CaseにiPhoneを入れている必要があります。
Battery Case単体では、Apple Pencilに給電されません。
2）付属のアダプタを使って、Lightnigケーブルで充電する
▲ Apple Pencilには「Lightningアダプタ」が付属しています。
Lightningメス – メスのアダプタで、Lightningケーブルを使って充電できるようにするものです。
○印のある方を、Apple Pencilに接続します。
逆向きには使用できません。
▲ iPadやiPhoneと同様に、USB-ACアダプタや、パソコンのUSB端子を使って充電できます。
充電しながら描くことはできません。
▲ アップル純正のiPhone Lightning Dock（レビュー）を使えば、立てて充電できます。
補足
1）Apple Pencilの電池残量は、同期しているiPad Proの通知センター（ウィジェット欄）で確認できます。
充電中はアイコンの脇に稲妻マークが点灯します。
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2）充電中は、キャップを紛失しないよう注意してください。
Smart CoverやiPad Pro本体に内蔵されたマグネットに、くっつけておくといいでしょう。
iPad Pro前面ベゼルの何カ所かに、キャップが吸着します。