Apple公式サイトの、iPhone用ケースの互換性情報が更新されています。
同店でiPhone 5/5s用として販売されていたケースと保護フィルムが、すべてiPhone SEにも対応となっています。
iPhone SEの筐体デザインとサイズは、製品仕様を見ると、iPhone 5sとまったく同じです（重さだけ1g異なる）。
ただしボタンやカメラレンズなどの正確な位置まで、すべて一致しているかはまだ不明です。
たとえばiPhone 4と4sも大きさ・見た目は同じですが、ボリュームボタンと消音スイッチの位置が違っていました。
Apple StoreでiPhone SEへの対応が判明しているものには、防水ケース「Lifeproof nuud」や、バッテリーケース「Mophie Juice Pack Air」も含まれます。
シビアな精度が求められるこれらも対応していることから、ほとんどのiPhone 5s対応ケースが、iPhone SEにも使えそうです。
差し込んで収納するだけのスリーブケースなら、間違いなく使用できます。
ただし柔軟性のないアルミ製・金属製のケースやバンパーなどは、実機での検証が必要です。
微妙な差で装着できなかったり、アンテナ構造の違いがあれば、電波受信感度への影響が異なる可能性があります。
サードパーティー各社からも、iPhone 5/5sにも対応として、iPhone SE向けケースがリリースされはじめています。
iPhone 5s用として発売されたケース・保護フィルムの一覧カタログはこちら
（すべてがiPhone SEに対応しているとは限りません。在庫切れ・販売終了している製品もあります）
※ 補足：LEDフラッシュライトの形状の違いから、「iPhone 5用」として販売されたケースの中には、iPhone 5sとiPhone SEにはマッチしないものもあります。
カメラレンズ・フラッシュライトまわりが、ぴったりの大きさに開けられているものはご注意ください。
多くのケースが、フラッシュライトの乱反射を防ぐために、大きめにゆとりをもって開けられています。